Добрый день. Надо разбираться. Почему участок оформлен в 2017 году, а дом только в 2022?
В качестве оснований права собственности на дом указывают основание права на участок. Что-то еще в качестве документов-оснований на дом указано? Что указано в Вашем договоре 1999 года по основаниям права собственности продавца? Там четко обозначены и разделены дом и земельный участок, у каждого объекта есть свои основания права собственности?

Спасибо всем за советы!
Я уже составил обращение в ИФНС, сегодня отправлю.

Владимир, если ДКП заверен у нотариуса, то переход права по нему может осуществить любой из сторон договора в одиночку без второй стороны, а это значит, что ничего не значит (я про Ваше умозаключение исходя из записи в ЕГРН в 2022 году одним покупателем).
Автор, налоговая просто видит в личном кабинет сухие цифры "2022" и продажу ранее минимального срока. Отправьте им через ЛК скан ДКП от 1999 года, она увидит другие цифры и навсегда отстанет от Вас по данному вопросу. У Вас нет обязанности уплаты налога и подачи налоговой декларации!

В вопросе не указан регион, в разных регионах регистрация сделок проходила по разному в 1999 году и в разных госорганах( В Московской области в одних районах регистрировали БТИ, в других департаменты, в третьих комитеты). На договоре 1999 года сколько штампов стоит? Если два и более один с записью зарегистрирован договор и второй с записью зарегистрирован переход права или зарегистрировано право(могло быть сразу на участок с домом одно или по отдельности на каждый объект), то Ваше право зарегистрировано в 1999 году, а в последствии Вы просто регистрировали ранее возникшее право в ЕГРН и налоги не платятся, а могли и не зарегистрировать договор и переход права полностью до конца в 1999 году, тогда налоги платятся. В 2022 году запись в ЕГРН на дом вносил один покупатель без продавца, значит все в 1999 году сделали по действующему в регионе на то время законадальству правильно и в полном объеме. Найдите старого нотариуса в своем районе или старого риэлтора, кто работал в то время, они Вам все по полочкам разложат. И самое простое, это поехать в ИФНС и предоставить договор от 1999 года со всеми штампами, обычно хватает для того, чтобы налоговая сняла все претензии.

Спасибо ещё раз!
Я позвонил на единый номер справочной ИФНС. Там сказали, что если в документах-основаниях указан ДКП 1999 года, то скорее всего не нужно платить НДФЛ, но нужно написать обращение через личный кабинет на сайте ИФНС.

Дата в выписке всего лишь дата внесения информации в ЕГРН. На неё можно ориентироваться, но не всегда, есть исключения. Если на дом ничего более не указано, то моментом возникновения права на дом следует считать 1999 год. Никаких налогов тут нет, а налоговая к вопросу подходит формально.
98-99гг. - это годы начала ведения ЕГРН. Я уверен, там бардак был полный. Вообще все сделки с 1998 г. должны были регистрироваться в соответствии с Федеральный закон от 21.07.1997 N 122-ФЗ О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним. Я не поленился и поискал этот уже не действующий закон, смотрите:
Государственную регистрацию прав на недвижимое имущество и сделок с ним осуществляют федеральный орган в области государственной регистрации и его территориальные органы.
В случае передачи полномочий федерального органа в области государственной регистрации для осуществления органам исполнительной власти субъектов Российской Федерации в соответствии со статьей 10.1 настоящего Федерального закона органом, осуществляющим государственную регистрацию прав, является орган исполнительной власти субъекта Российской Федерации.

Таким образом, полномочия могли быть переданы в "администрации сельского округа, государственного кадастрового комитета по инвентаризации и землеустройству".
т.е. все в рамках действующего на тот момент законодательства.

Михаил Шатов,
да, в выписке на дом дата записи о собственности 06.06.2022.
Да, теперь понятны просчёты. Будем общаться с ИФНС.

Спасибо Вам за ответ!
1) В 2017 году собственник решил, что за оформление дома просят слишком много денег, поэтому тогда не зарегистрировали дом.
2) В "документы-основания" на дом указано:
"договор купли-продажи земельного участка с расположенным на нём домовладением, выдан 16.02.1999
Документ нотариально удостоверен: 16.02.1999 нотариусом ст. Новотитаровской Грековой Т.М. 441"
3) Основания права собственности продавца на З.У. в ДКП 1999 указано:
свидетельство на право собственности на землю, выданное Новотитаровским сельским советом за №1804 от 06.09.1993.
Основание на дом:
акт приёмки в эксплуатацию б/н от 22.01.1992 и Справка Бюро технической инвентаризации ст. Новотитаровской от 15.12.1998 за №1424.

Моментом возникновения права собственности при покупке является внесение в егрн собственности. С 1 июля 1998 введен в действие закон о государственной регистрации права собственности на недвижимость, и Вам нужно было тогда оформить Ваше право в рег.палате (не помню, как они тогда назывались)
К категории "раннее возникшего права" Ваш дом не относится, потому что приобретен после 01.07.1998г.
Смотрите в выписке егрн запись права собственности от какой даты указана, если от 2022 , что скорее всего -то не очень хорошо для Вас.
Сначала попробуйте с налоговиками письменно пообщаться с приведением доводов, потом при их несогласии возможен суд, тогда уже к юристам/адвокатам.
Вы допустили 2 просчета: за эти годы только в 22-м внесли запись на дом, и скорее всего в договоре не "раскидали" цены участка и дома, соблюдая 70% кад.стоимости дома, наверняка можно было свести в 0, используя вычет на 1 млн. Хотя, может и сейчас можно - для этого нужна кад.стоимость дома на 1 янв года продажи, и цена из дкп по дому.